Đóng thuế khoán đầy đủ nhiều năm, nhiều hộ kinh doanh vẫn nhận thông báo truy thu: Điều gì đang xảy ra?

Thời gian gần đây, không ít hộ kinh doanh đang lo lắng trước nguy cơ bị truy thu thuế cho giai đoạn nộp thuế khoán trước đây. Trong số đó có trường hợp của anh N.M.Đ, chủ một cơ sở kinh doanh dược phẩm tại Hà Nội.

Anh Đ. cho biết từ năm 2022 đến năm 2025 cơ sở của anh nộp thuế theo phương pháp khoán và luôn thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế theo thông báo của cơ quan thuế. Do đặc thù kinh doanh chủ yếu là bán lẻ nên hộ kinh doanh không xuất hóa đơn đầu ra cho khách hàng.

Theo anh Đ., toàn bộ hàng hóa nhập vào đều có hóa đơn từ nhà cung cấp. Tuy nhiên, gần đây cơ quan thuế yêu cầu xuất trình hóa đơn đầu vào và giải trình lý do giá trị hàng hóa đầu vào lớn trong khi doanh thu khoán những năm trước ở mức thấp. Anh cho biết cơ quan thuế đang rà soát và tính toán truy thu thuế dựa trên doanh thu từ năm 2022.

Chủ hộ kinh doanh này cho rằng trong giai đoạn áp dụng thuế khoán, khoản thuế phải nộp không được tính vào giá bán sản phẩm. Vì vậy, nếu bị truy thu thuế theo doanh thu của các năm trước, cơ sở có thể phát sinh khoản lỗ lên tới hàng trăm triệu đồng.

"Muốn đóng cửa nghỉ kinh doanh cũng không được", anh Đ. chia sẻ và bày tỏ thắc mắc liệu việc truy thu theo cách thức này có đang được áp dụng tại các địa phương khác hay không.

Anh Đ. cũng cho biết mình từng tìm hiểu một số văn bản hướng dẫn của cơ quan thuế và cho rằng có quy định nêu trường hợp không thực hiện truy thu thuế, từ đó mong muốn cơ quan chức năng làm rõ để hộ kinh doanh yên tâm hoạt động.

Liên quan đến những băn khoăn về việc có hay không truy thu thuế đối với hộ kinh doanh từng nộp thuế khoán, chuyên gia thuế Lê Văn Tuấn cho rằng nhiều người đang hiểu chưa đầy đủ thông điệp từ cơ quan thuế.

Theo ông Tuấn, điều quan trọng cần phân biệt là cơ quan thuế không sử dụng doanh thu phát sinh sau khi hộ kinh doanh chuyển sang phương thức kê khai để truy thu cho giai đoạn nộp thuế khoán trước đó. Tuy nhiên, điều này không đồng nghĩa mọi trường hợp đều không bị xác định lại nghĩa vụ thuế của các năm trước.

Ông dẫn ví dụ, nếu doanh thu khoán của hộ kinh doanh trong năm 2025 và các năm trước được xác định là 1 tỷ đồng, nhưng đến năm 2026 doanh thu kê khai tăng lên 2 tỷ đồng thì cơ quan thuế sẽ không lấy mức doanh thu 2 tỷ đồng của năm 2026 để truy thu thuế cho giai đoạn trước.

Ngược lại, nếu cơ quan thuế có căn cứ xác định doanh thu thực tế của hộ kinh doanh trong năm 2025 hoặc các năm trước đạt trên 1,5 tỷ đồng, tức cao hơn trên 50% so với mức doanh thu khoán 1 tỷ đồng, thì nghĩa vụ thuế đã phát sinh ngay từ thời điểm doanh thu biến động. Khi đó, cơ quan thuế có thể xem xét xác định lại nghĩa vụ thuế của giai đoạn này theo quy định.

Có nghĩa là việc khai thuế khoán không phải "khai bao nhiêu cũng được". Nếu cơ quan thuế xác định doanh thu khai sai quá 50% so với doanh thu thực, thì họ có quyền truy thu. 

Ông Tuấn cũng cho biết cơ quan thuế hiện có nhiều nguồn dữ liệu để đối chiếu và xác minh doanh thu thực tế của hộ kinh doanh như hóa đơn đầu vào, dữ liệu từ sàn thương mại điện tử, đơn vị vận chuyển và các nguồn thông tin liên quan khác.

Phan Trang